Subordinada à Seção de Madeiras e Produtos Florestais, a xiloteca mantém um acervo de aproximadamente 4000 espécies florestais. A coleção conta com amostras de madeiras nativas, do Estado de São Paulo, principalmente representativas das Unidades de Conservação do Instituto Florestal e exóticas, enriquecida com um laminário correspondente às das madeiras. A coleção está registrada no Index Xilariorum sob a sigla SPSFw.